Marionette begint naargeestig als al in de eerste minuten van de film een man zichzelf in brand steekt. De stemmen in zijn hoofd zeggen hem dat te doen. Niet veel later zien we Marianne Winter (Thekla Reuten) op de luchthaven van Schotland. In een voice-over horen we haar zelf afvragen waarom ze hier is. Na verloop van tijd wordt duidelijk dat ze op weg is naar een nieuwe werkgever. Als kinderpsycholoog maakt ze daar kennis met de tienjarige Manny (Elijah Wolf) die beweert dat hij de toekomst kan controleren en beïnvloeden. Ze raakt al snel in de ban van het kind die constant verontrustende tekeningen maakt die over de toekomst van Marianne lijken te gaan. Als ook nog eens blijkt dat de man die zich aan het begin van de film in brand stak, Dr. McVittie (Peter Mullan) de voorganger van het ventje was dreigt Marianne de grip op haar leven en de realiteit kwijt te raken.
